Die Gründungsversammlung der Gesellschaft für Biologische Systematik fand am 12.12.1997 im Museum für Naturkunde in Berlin statt. Eingeladen hatte der damalige Direktor des Instituts für Systematische Zoologie am Museum für Naturkunde, Prof. Dr. U. Zeller, nachdem bereits seit Jahren deutschsprachige Systematikerinnen und Taxonomen eine entsprechende Fachgesellschaft gefordert hatten. Zu diesem Zeitpunkt war eines der wichtigen Kommunikationsorgane der Newsletter „ZooSyst“ der damaligen Studiengruppe und jetzt Fachgruppe „Zoologische Systematik“ der Deutschen Zoologischen Gesellschaft (DZG). Auch über die „ZooSyst“ haben die damaligen Sprecher der Fachgruppe, Gerd Weigmann und Michael Schmitt, die Einladung nach Berlin zirkulieren lassen.
Am 12.12.1997 trafen sich schließlich rund 100 Interessierte und diskutierten über den Namen der Gesellschaft, wobei „systematische Biologie“, „biologische Systematik“ und andere Ideen kursierten. Außerdem legten sie die exakte Formulierung der Satzung der neu zu gründenden Gesellschaft fest. Die Gründungsmitglieder wählten schließlich ihren Gründungsvorstand.
Prof. Dr. J.W. Wägele setzte sich als Geschäftsführer sofort an die Realisierung der mit einer solchen Gründung verbundenen Aufgaben. Er rief die Gründungsmitglieder per Brief dazu auf, Vorschläge für ein Logo einzureichen und gründete den BiolSyst-E-Mail-Verteiler, der als GfBS-Listserver bis heute ein wichtiges Kommunikationsinstrument der GfBS-Mitglieder ist. Der Schriftleiter, Prof. Dr. D. Waloßek, hatte ebenfalls unmittelbar nach der Gründungsveranstaltung die erste Website aufgesetzt. Der Mitgliederzuwachs war beachtlich, und bereits im April 1998, also nur vier Monate nach der Gründung, erreichte die GfBS die Zahl von 200 Mitgliedern.
Die erste Jahrestagung der GfBS mit dem Tagungsthema „Systematik im Aufbruch“ fand vom 17.-19.9.1998 in Bonn unter der Leitung von Prof. Dr. C. Naumann statt. Im Kontext der Tagung gab es eine große Zahl von Neueintritten, so dass die GfBS am 1.11.1998 bereits aus 350 Mitgliedern bestand.
1999 erschien der erste GfBS-Newsletter unter der Herausgeberschaft von Prof. Dr. Dieter Waloßek, schon damals bereits mit einem Umfang von 28 Seiten und in Farbe.
Im Rahmen der zweiten Ordentlichen Mitgliederversammlung der GfBS anlässlich der 2. Jahrestagung in Jena stimmten die Mitglieder mehrheitlich (ja: 36, nein: 4, Enthaltungen: 16) für die Gründung einer neuen, wissenschaftlichen Zeitschrift der GfBS. Das erste Heft der Organisms, Diversity and Evolution (ODE) erschien schließlich im Jahr 2001 unter ihrem ersten Editor-in-Chief Prof. Dr. G. Haszprunar.
